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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
01/02/2018 |
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Data da última atualização: |
07/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GEISTLINGER, L.; SILVA, V. H. da; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. C.; WALDRON, L.; ZIMMER, R.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
Ludwig Geistlinger, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Vinicius Henrique da Silva, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Polyana Cristine Tizioto, ESALQ/USP; Levi Waldron, University of New York; Ralf Zimmer, Ludwig Maximilians Universität München; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP. |
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Título: |
Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, n. 1399, p. 1-11, jan. 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-19782-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a frequently observed deviation from the diploid state due to duplication or deletion of genomic regions. Although intensively analyzed for association with diseases and production traits, the specific mechanisms and extent by which such variations affect the phenotype are incompletely understood. We present an integrative study on CNV and genome-wide gene expression in Brazilian Bos indicus cattle. We analyzed CNVs inferred from SNP-chip data for effects on gene expression measured with RNA-seq in skeletal muscle samples of 183 steers. Local effects, where expression changes coincided with CNVs in the respective genes, were restricted to immune genes. Distal effects were attributable to several high-impact CNVs that modulated remote expression in an orchestrated and intertwined fashion. These CNVs were located in the vicinity of major skeletal muscle pathway regulators and associated genes were enriched for proteolysis, autophagy, and muscle structure development. From association analysis between CNVs and several meat quality and production traits, we found CNV-associated expression effects to also manifest at the phenotype level. Based on genome sequences of the population founders, we further demonstrate that CNVs with impact on expression and phenotype are passed on from one generation to another. |
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Palavras-Chave: |
Agricultural genetics; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
gene expression. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
07/02/2002 |
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Data da última atualização: |
10/09/2004 |
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Autoria: |
EPIPHANIO, J. C. N.; FORMAGGIO, A. R. |
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Título: |
Sensoriamento Remoto de Três Parâmetros Agronômicos de Trigo e Feijão. |
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Ano de publicação: |
1991 |
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Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, V.26, n.10, p.1615-1624, out. 1991 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Os índices de vegetação estão entre as abordagens mais utilizadas no sensoriamento remoto de culturas agrícolas. Neste trabalho utilizam-se, além da banda TM4, a razão simples (RS) e o índice perpendicular de vegetação (PVI), obtidos a partir de dados espectrais do sensor TM/Landsat-S. Os dados orbitais foram corrigidos quanto aos efeitos radiométricos e atmosféricos. Os parâmetros agronôn-úcos do trigo e do feijão foram: o índice de área foliar (IAF), a percentagem de cobertura vegetal sobre o terreno (COV) e a densidade de clorofila, coletados em plantações comerciais irrigadas. Constatou-se haver relações de interesse agronômico entre os parâmetros espectrais de satélite e os parâmetros agronôn-úcos das duas culturas, trigo e feijão. Isto evidencia a possibilidade de estimação das condições de vigor de uma cultura a partir de dados orbitais. Em determinado momento do ciclo cultural, os parâmetros biofísicos atingem valores em que as relações com as variáveis espectrais tornam- se assintóticas, enquanto seria ideal ocorrerem relações lineares. O PVI propicia melhores condições de minimizarão do efeito dos solos na resposta espectral da vegetação, em relação às bandas individuais. |
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Palavras-Chave: |
Índice de área foliar; Índice de vegetação; Landsat-5. |
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Thesagro: |
Clorofila; Triticum Aestivum. |
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Thesaurus NAL: |
wheat. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/AI-SEDE/21275/1/pab05_out_91.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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